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Eine Software zeigt, dass man sich gleichzeitig mit zwei Coronavirus-Varianten infizieren kann
Das VICOS-Tool wurde von Forschern des Proyecto País-Konsortiums entwickelt. Hilft bei der Bereitstellung weiterer Informationen zu Koinfektionen.
Argentinische Forscher, die Teil des öffentlichen Konsortiums Proyecto País sind, haben einen Algorithmus entwickelt, mit dem sie erkennen können, ob eine Person an zwei Arten des SARS-CoV-2-Coronavirus erkrankt ist.
Das Tool heißt VICOS (Viral COinfection Surveillance) und wurde zum Nachweis von SARS-CoV-2-Koinfektionen in Daten von 1.097 vollständigen Genomen verwendet, die zwischen März 2020 und August 2021 in Argentinien gesammelt wurden.
Laut der in der Fachzeitschrift Virus Research veröffentlichten Arbeit wurden 23 Fälle (2 %) verschiedener SARS-CoV-2-Koinfektionen festgestellt. Wenn man die Ergebnisse aufschlüsselt, waren drei dieser Fälle auf zwei Viren derselben Abstammungslinie zurückzuführen, zwei waren auf Viren unterschiedlicher genetischer Abstammungslinien zurückzuführen, 13 waren sowohl mit Koinfektion als auch mit der Evolution innerhalb des Wirts vereinbar und fünf Fälle waren wahrscheinlich das Produkt der Laborkontamination.
Seit 2020 beginnen Forscher von Proyecto País – einem Konsortium des Ministeriums für Wissenschaft, Technologie und Innovation des Landes – mit der Sequenzierung von Coronavirus-Genomen aus Proben von Patienten mit Covid-19.
Die neue VICOS-Computerpipeline ergab 2 % der SARS-CoV-2-Koinfektionen während der ersten COVID-19-Welle in Argentinien.
Die VICOS-Ausgabe hilft zusammen mit zusätzlichen Metadaten bei der Unterscheidung zwischen zwei SARS-CoV-2-Koinfektionen, einer Entwicklung innerhalb des Wirts oder einer Sequenzierungskontamination.
Interlineage- und Intralineage-SARS-CoV-2-Koinfektionen sollten als treibende Kraft der Rekombination und Evolution überwacht werden.
Die Koinfektion mit zwei SARS-CoV-2-Viren ist nach wie vor ein sehr wenig untersuchtes Phänomen. Obwohl Sequenzierungsmethoden der nächsten Generation beim Nachweis heterogener Viruspopulationen in einer Probe sehr empfindlich sind, gibt es keine standardisierte Methode für ihre Charakterisierung, sodass ihre klinische und epidemiologische Bedeutung unbekannt ist.
VICOS (Viral COinfection Surveillance), ein neuer bioinformatischer Filter- und statistischer Analysealgorithmus, wurde entwickelt, um im Rahmen der gemeinschaftlichen genomischen Überwachung Proben aus einem großen Datensatz zu identifizieren, bei denen der Verdacht besteht, dass es sich um gemischte Populationen von SARS-CoV-2 handelt. VICOS wurde verwendet, um SARS-CoV-2-Koinfektionen in einer Reihe von Datensatzdaten aus 1097 gesamten Genomen zu erkennen, die zwischen März 2020 und August 2021 in Argentinien gesammelt wurden.
Es wurden 23 Fälle (2 %) von SARS-CoV-2-Koinfektionen festgestellt. Eine detaillierte Untersuchung der VICOS-Ergebnisse zusammen mit einer zusätzlichen phylogenetischen Analyse ergab 3 Fälle von Koinfektionen durch zwei Viren derselben Abstammungslinie, 2 Fälle durch Viren unterschiedlicher genetischer Abstammungslinien, 13 waren sowohl mit Koinfektion als auch mit der Evolution innerhalb des Wirts vereinbar und 5 Fälle waren wahrscheinlich Laborkontaminationsprodukt.
Die Virusvielfalt innerhalb der Probe liefert wichtige Informationen zum Verständnis der Übertragungsdynamik von SARS-CoV-2. Fortschrittliche Bioinformatik-Tools wie VICOS sind eine notwendige Ressource, um die verborgene Pluralität von SARS-CoV-2 aufzudecken.
Von VICOS verwendeter Arbeitsalgorithmus zur Identifizierung und Meldung der Anzahl, Häufigkeit und Position von iSNVs in SARS-CoV-2-Genomen, die mit der Illumina-Technologie gewonnen wurden. Die Pipeline erfordert eine Reihe von BAM-Dateien als Eingabe.
